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ECOLOGIA
El litoral de Marcona por sus características geográficas y climáticas, reúne condiciones especiales, que albergan una biodiversidad marina; ricos en microorganismos como el plancton que sirven de alimento a grandes volúmenes de peces y estos a la vez a las aves guaneras y mamíferos marinos, formando la cadena alimenticia.

Las bahías, puntas y ensenadas, se han convertido en habitat natural de estas especies, que muchas veces se han visto amenazadas por la actitud irresponsable y codiciosa del hombre.

Esperemos que en el futuro las zonas reservadas o protegidas de Punta San Juan o Parada y San Fernando; junto con las bahías sean declaradas por las autoridades nacionales como Reserva Nacional, similar a Paracas, para velar así por la preservación y cuidado de las especies y su entorno natural.

Zona Reservada de Punta San Juan

Llamada también punta Parada, se ubica a 3 kilómetros al nor-oeste de la ciudad de San Juan de Marcona, en una extensión de 54 hectáreas, concentra la mayor población de lobos chuscos y finos de la costa del Perú y también de la mayor colonia de pingüinos de Humboldt (se estima que aquí habita más del 50% total de pingüinos del litoral peruano).
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Bandada de guanayes
Esta punta guanera se caracteriza por sus adruptos acantilados de más de 30 metros de altura, dificultando el acceso desde la parte alta a las diferentes playas que se forman a nivel de la rompiente.

En esta punta es común ver al zarcillo y a las tres principales especies de aves guaneras; el guanay, el pelicano y  los piqueros. Mientras que a los lobos y crías se ubican en las playas y salientes rocosas, a los pingüinos se les observa buscando protección en las cavidades y paredes de los acantilados, mientras que las aves reposan y anidan en las escarpadas laderas y en la meseta que se extiende en la parte mas alta de la punta.

La zona reservada de Punta San Juan se encuentra amurallada en toda su extensión y es administrada por la entidad estatal Proabonos del Perú.  
 
Colonia de lobos en Punta San Juan
Zona Reservada de San Fernando

La ensenada de San Fernando se encuentra ubicada a aproximadamente 30 kilómetros al norte de la ciudad de San Juan de Marcona, siguiendo la línea de la costa.

La zona natural de San Fernando tiene un área aproximada de 10 mil hectáreas entre superficie terrestre y porción de mar; lugar de espectacular belleza y  singulares paisajes marinos, pudiéndose apreciar acantilados, puntas, farallones e islotes que dan una visión mágica al lugar. San Fernando es uno de los pocos lugares de la costa peruana que se mantiene casi intacto en su estado natural.  

La ensenada alberga una gran variedad de aves guaneras y mamíferos marinos; concentrando gran cantidad de lobos en sus costas, junto a ellos habitan legiones de piqueros, guanayes, pelicanos, zarcillos, gaviotas y además la presencia del pingüino de Humboldt.

También, es posible ver al zorro del desierto y hasta nutrias marinas zambullidas en las playas cercanas (cobijadas en aguas pobladas de sargazos). Pero lo que llama más la atención es la presencia de cóndores sobrevolando la ensenada en busca de alimento, especialmente la cría de los lobos y animales muertos.

Nótese también la presencia de manera particular del guanaco, este animal recorre cientos de kilómetros, desde la sierra ayacuchana, cruza el desierto y llega a las lomas próximas a San Fernando, y aprovecha las filtraciones de agua dulce que hay en la zona. Es importante mencionar que San Fernando es el único refugio marino del Perú adonde llega este animal. 
Vista aérea de la ensenada de San Fernando
ATENCIÓN
A través de diversos informes periodísticos y denuncias de organizaciones ecológicas hicieron saber a la opinión pública local y nacional del peligro que significa la contaminación minera en la bahía de San Nicolás poniendo en grave peligro a las especies marinas e hidrobiológicas existentes en la zona, y por su cercanía a San Fernando; este paraíso natural se vería afectado, pudiendo alterar el ecosistema de la zona y por ende a todas las especies marinas.
Además, la sobreexplotación pesquera y la masiva presencia humana existente en San Fernando podría llevar a la extinción y exterminio de las diversas especies marinas (peces, lobos de mar, aves guaneras, mariscos, etc.), se debería reglamentar el ingreso de visitantes y pescadores.
Cabe recordar que el Congreso de la República formuló un proyecto de Ley en el 2004 declarando textualmente  como Reserva Nacional a la Bahía de Marcona, el cual aún sigue en espera.
El diecinueve de julio del 2007, el Congreso de la República aprobó la ley que declara de necesidad y utilidad pública el establecimiento de la Zona Reservada de San Fernando, en el distrito de Marcona, provincia de Nasca, departartamento de Ica, con un área de influencia en los distritos de Changuillo y Nasca.
El Ministerio de Agricultura, a través del Inrena, elaborará los estudios y realizará las acciones necesarias a fin de que, en un plazo no mayor de un año, se incorpore, dentro del Sistema Nacional de Áreas Naturales Protegidas (SINANPE), conforme a los procedimientos establecidos en la Ley Nº 26834, Ley de Áreas Naturales Protegidas y su Reglamento.
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